История библиотеки Донского ГАУ началась 1 сентября 1840 года, когда в городе Варшава было открыто учебное заведение под названием «Школа простых ветеринаров». В первый год библиотека имела 20 печатных единиц 11 наименований. Хранением и выдачей книг занимался помощник директора ветеринарной школы, преподаватель Эдуард Островский. С 1 июля 1887 года она стала библиотекой Варшавского ветеринарного училища, затем — Варшавского ветеринарного института. Библиотекой всегда заведовали преподаватели, утвержденные в этих полномочиях Советом института. Постепенно фонды увеличивались, в том числе и за счет книг из коллекций директоров, их помощников и преподавателей института. После 50 лет существования, на 1 января 1891 г., библиотека насчитывала 6570 томов книг. В разное время библиотекой заведовали доцент по кафедре общей патологии, патологической анатомии с патологической гистологией, он же библиотекарь, магистр ветеринарных наук, коллежский советник Николай Николаевич Мари; доцент по кафедре теоретической и оперативной хирургии, магистр ветеринарных наук, статский советник Игнатий Фомич Гаевский; доцент по кафедре общей патологии и патологической анатомии, магистр ветеринарных наук, надворный советник Николай Давыдович Балл.

В июле 1915 года Варшавский ветеринарный институт был эвакуирован из Варшавы в Москву, в конце июня 1916 переведен в г. Новочеркасск и переименован в Новочеркасский ветеринарный институт. При эвакуации института всю богатую библиотеку, созданную в течение долгого периода времени и составляющую имущество огромной и незаменимой важности, пришлось оставить в Варшаве и организовать библиотечное дело в Новочеркасске вновь с самого начала. Значительная часть книг была пожертвована институту его ректором, профессором Н.Н.Мари.

В 1940 году, к 100-летнему юбилею Варшавского ветеринарного института, переименованного в Новочеркасский зооветеринарный институт, библиотека имела в своих фондах 106 533 печатных единицы.

В 1962 году при объединении НЗВИ с Азово-Черноморским сельскохозяйственным институтом произошло слияние фондов библиотек вузов. Фонд АЧСХИ был сформирован из книг библиотек Донского среднего сельскохозяйственного училища, Высших женских сельскохозяйственных курсов, Донского института сельского хозяйства и мелиорации, Северо-Кавказского зернового института, части книг из фондов Алексеевского Донского политехнического института.

В настоящее время общий объем фонда библиотеки составляет более 350 тыс. печатных экземпляров научной, учебной и художественной литературы. В фонде имеются издания на иностранных языках – журналы по ветеринарии, растениеводству и плодоовощеводству, зоотехнии, книги по генетике, разведению, агрономии, зоологии, биотехнологии и др.

Особую гордость библиотеки составляет фонд редких и ценных изданий. В основу фонда редких и ценных изданий легли книги Варшавского ветеринарного института, Алексеевского (Донского) политехнического института и личные пожертвования преподавателей и сотрудников вузов-предшественников Донского ГАУ. Редкие и ценные издания собирались в книгохранилище сектора научной литературы. В 2015 году было выделено помещение под этот фонд. В его основе – печатные издания латинского шрифта XVIII–1830 г., дореволюционные книги и журналы по профилю университета.

Фонд редких и ценных изданий состоит из четырех коллекций:
1. Коллекция изданий латинского шрифта XVIII в. – 1830 г. Коллекция состоит из книг на европейских иностранных языках. Особое место занимает труд Фишера Г.И. «Entomoigraphia imperii rossici; Genera Insectorum systematice expositaetan alysiiconographica instructa» (5 томов, Москва, 1820-51); этот капитальный труд представляет собой одно из ценнейших сочинений по энтомографии России, в котором описаны жуки, бабочки и другие насекомые и изображено громадное их количество в 140 таблицах.

2. Коллекция изданий трудов ученых Донского ГАУ 1865 – 1978 гг. В коллекцию входят научные труды многих известных ученых и преподавателей, которые работали в Донском ГАУ. Скрябиным К.И., академиком с мировым именем, впервые в России на базе Донского ветеринарного института была организована кафедра паразитологии. Мари Н.Н. разработал проблему «мясных отравлений», правила браковки мясных продуктов, написал первый в России (1912) учебник по ветеринарно-санитарной экспертизе. Арциховский В.М. организовал Высшие женские сельскохозяйственные курсы. Созданная им аэропоника стала в наши дни космической наукой, с её помощью выращивают растения на орбитальных станциях. В развитие отечественной науки большой вклад внесли: Спасский С.А., Полынов Б.Б., Носатовский А.Н., Новопокровский И.В., Харин, Н.Н., Флеров А.Ф., Глинка К.Д.

3. Коллекция трудов сельскохозяйственных обществ и научных организаций Дона и Северного Кавказа 1902 – 1930 гг. Уникальные сведения регионального значения собраны в этой коллекции: научные и практические вопросы ведения сельского хозяйства в Донской области и на Северном Кавказе; отчёты о деятельности сельскохозяйственных обществ и научных организаций.

4. Коллекция журналов по ветеринарии 1872 – 1917 гг., в состав коллекции входят следующие журналы:

• «Архив ветеринарных наук» (1872 - 1917 гг.)
• «Вестник общественной ветеринарии», издававшийся обществом ветеринарных врачей С.-Петербурга (1889 – 1916 гг.)
• «Ветеринарное обозрение», издававшийся Московским обществом ветеринарных врачей (1899 – 1911 гг.)
• «Ветеринарная жизнь». Еженедельный журнал (1907 – 1917 гг.)
• «Ветеринарный врач». Еженедельный журнал научной, практической и бытовой ветеринарии. Издание С.-Петербургского общества ветеринарных врачей (1907 – 1916 гг.)
• «Ветеринарный фельдшер». Общедоступный журнал практической ветеринарии и животноводства для сельских хозяев и ветеринарных фельдшеров. Издание Российского ветеринарного общества (1915 г.).

Центром по работе с книжными памятниками Донской государственной публичной библиотеки оцифрованы 15 изданий трудов Мари Н.Н. и размещены на сайте «Донской электронной библиотеки».

Ведется работа по изучению фонда редких и ценных изданий сектора научной литературы. После детального изучения 10 экземпляров редких книг прошли экспертизу в экспертном совете Донской государственной публичной библиотеке и были зарегистрированы в Реестре книжных памятников Российской государственной библиотеки на официальном сайте. Работа по отнесению документов к книжным памятникам и постановке их на государственный учет продолжается.