В 1944 году в Московском ветеринарном институте успешно защитил кандидатскую диссертацию, посвященную болезням рыб, а через некоторое время был утвержден в ученом звании доцента. Его первая статья «К изучению антагонизма бактерий» была опубликована еще 1935 году в «Трудах НЗВИ им. 1-ой Конной Армии». В последующие годы ученый активно участвовал в исследовании и разработке методов борьбы с бруцеллезом - основной научно-исследовательской проблемы кафедры микробиологии. Им опубликован ряд научных работ в трудах ДСХИ и Донского зонального НИИ сельского хозяйства, преимущественно по профилактике и лечению бруцеллеза крупного рогатого скота и овец, изучению нормальной и патогенной микрофлоры рыб Азовского моря. 

Научные интересы В.Ф.Бессарабова были многогранными. Совместно с коллегами Василий Филиппович изучал изменения в организме кур после вакцинации против пастереллеза, в «Сборнике статей ДонСХИ» в 70-е годы опубликованы исследования, посвященные нескольким штаммам бактерии Вruceella abortus. В книге «Новое в кормлении и содержании птицы» (МВА : Сб. науч. тр. – М. : Колос, 1982. – 121 с.) помещен обширный материал по влиянию ограниченного кормления и различного уровня протеина на естественную резистентность сельскохозяйственной птицы.

В.Ф.Бессарабов проработал в НЗВИ – ДСХИ 40 лет: преподавал микробиологию, издавал методические материалы для лабораторных занятий по общей и частной микробиологии, руководил заочными отделениями зоотехнического и ветеринарного факультетов. Его ученики - выпускники вуза разных лет: доценты К.С.Гончаренко, В.С.Степаненко, профессор Г.В.Максимов и др. 

За долгую плодотворную работу В.Ф.Бессарабов награжден орденом Октябрьской Революции (Указ Президиума Верховного Совета СССР от 08.04.1971 г.), орденом «Знак Почета» и рядом медалей.