Гордостью университета является зоологический музей, воссозданный руками сотрудников (доценты Л.Г. Курдова, Л.П. Гордеева и др.) и бережно сохраняемый. Музей содержит сотни уникальных экспонатов фауны всего мира, активно используется в учебном процессе. Во время проведения Дней открытых дверей для многих абитуриентов он сыграл решающую роль при выборе профессии. 

История музея берет начало со времен Варшавского ветеринарного института. Часть экспонатов и препаратов, возраст которых более 100 лет, сохранились с тех пор. 

В музее имеются различные экспонаты: чучела распространенных и редких, а также занесенных в Красную Книгу животных, влажные препараты, препараты, показывающие различные аномалии в развитии организма и т.д. 

Музей активно используется как в просветительских целях, так и в учебном процессе. Каждое занятие подкрепляется наглядным материалом, который включает все организмы, начиная с простейших и заканчивая человеком, отражает все виды животных нашей планеты. 

В настоящее время в Зоологическом музее действуют три зала: зал позвоночных животных (вестибюль главного учебного корпуса), зал беспозвоночных животных (III этаж главного учебного корпуса) и орнитологический зал (I этаж главного учебного корпуса, левое крыло).